由于政府部門對證券市場的實質性監管，可以在一定程度上克服市場失靈，阻止經營管理不善的垃圾股票發行上市，并可通過發行證券實現產業傾斜，從而實現國家對經濟的宏觀調控。在市場經濟發展初期，這種做法有助于穩定證券市場秩序，保障投資者利益。

　　姑且不論這種審核需要的技術性與專業性，即便不存在任何可以避免的失誤，自由市場意味著不同個體對市場做出自己的主觀判斷，個體判斷的差異性也正是自由市場值得向往的原因，因為自由的市場能夠為個體充分展現自己全部的可能性提供足夠的空間。

　　在這個意義上，如果認為政府能夠代替所有人思考判斷就是對自由市場的否定。既然不當審核確實無法避免，而其結果可能是導致一些合格甚至優秀公司無法正常和公平地從證券市場籌資，也會讓一些劣質公司進入市場，損害投資者利益和社會整體福利。

　　另外，對股票投資者而言，政府對證券發行進行實質性的審核相當于政府對發行證券的隱形擔保和背書，使投資者習慣性地形成投資判斷依賴，在投資時容易受政府行為的影響，不進行審慎、獨立的判斷，難以建立自己的投資判斷和責任意識。一旦政府審查有誤，投資人難免蒙受損失。

　　(3)二者具體操作不同

　　由于理念不同、特征不同，注冊制與核準制在法律基礎、市場結構、監管方式、審核機構、審核內容等方面都有所區別。